Pomama za »nadnaravnim« i »izvanrednim« u Španjolskoj XVI. st. bila se pretvorila u kolektivni fenomen, tražile su se i hinile mistične pojave. Dvije kršćanske temeljne vrijednosti došle su u opasnost: vjera i mistično iskustvo. Pomama i nezasitnost za mističnim fenomenima podijelila je religiozni ambijent u dva oprječna bloka: s jedne strane bili su entuzijasti, prema kojima su mistične pojave isto što i krjeposti i kršćansko savršenstvo, a na drugoj su strani bili teolozi i inkvizitori koji su u svemu tome vidjeli ništa drugo nego poganstvo, prijevaru i magiju.
Ivan od Križa ne staje ni na jednu od tih dviju oprječnih strana. »Ne svrstava se među prve, koji olako sve vjeruju i drže sve to za Božju stvar, niti se slaže s drugima koji sve osuđuju kao laž i prijevaru. Ivan se dakle distancira i od jednih i od drugih, otvarajući sasvim novi put u interpretiranju i vrjednovanju ovih fenomena. Kriterij vrijednosti ne smješta u njihovo moguće božansko podrijetlo, nego u dinamizam teologalnoga života. Ne odbacuje ih zato što bi bili lažni, ali ih i ne prihvaća po samoj činjenici da proizlaze od Boga« (F. Ruiz). Za Ivana neki fenomen (viđenje, objava i sl.) ima vrijednost samo ako pridonosi porastu vjere, ufanja i ljubavi.
Treba ipak istaknuti da Ivan nema na umu karizmatski, proročki i društveni karakter tih pojava, nego pišući ima pred sobom osobe koje su krenule putom savršenosti prema božanskomu sjedinjenju. Nema npr. na umu ukazanja proročkoga tipa kao što su Lurd, Fatima itd. ni privatne objave koje imaju značenje za opću Crkvu poput objava Presvetoga Srca sv. Mariji Margareti Alacqouqe ili objava o Milosrdnoj ljubavi Faustini Kowalskoj i sl.
Ivanovo stajalište glede mističnih fenomena treba gledati u svjetlu njegova duhovnoga nauka čija je originalnost centrirana u sljedećih nekoliko točaka: Cjelokupno je mistično iskustvo življeno i interpretirano u svjetlu teologalnih krjeposti: vjere, nade i ljubavi; mistični fenomeni potpuno su sekundarni za božansko sjedinjenje i preobrazbu u ljubavi; često su plod čovjekove psihe; i kada dolaze od Boga, treba ih uzimati s određenom distanciranošću i marginalnošću, usmjeravajući pozornost prema unutarnjoj milosti i »tamnoj« kontemplaciji.
Ivan tako ne pada ni u jedan spomenuti ekstremizam: izbjegavajući kategoričke sudove bilo u pozitivnom bilo negativnom smislu, dobro znajući da su Gospodnji putovi beskrajni i da se ne mogu zatvoriti u okvire i norme, te da Duh Sveti djeluje na način koji je teško predvidjeti i klasificirati.
