Na zagrebačkoj Šalati, nekadašnjemu crkvenomu dobru Sv. Roka, nadbiskup Antun Bauer 25. lipnja 1927. položio je kamen temeljac za kompleks zgrada Međubiskupijskoga sjemeništa, Nadbiskupske klasične gimnazije i crkve Presvetoga Srca Isusova s kriptom sv. Antuna Padovanskoga, a uz njega je dvije godine poslije toga na blagoslovu bio i suutemeljitelj, tadašnji bosansko-srijemski ili đakovački biskup Antun Akšamović. Usvojena je i ostvarena građevinska zamisao kompleksa arhitekta Jurja Neidhardta uz određene preinake po preporuci Odbora za izgradnju. Gradnja je ostvarena donacijama pape Pija XI., nadbiskupa Antuna Bauera, Prvostolnoga kaptola, biskupa, kanonika, župnika i župljana iz cijele Hrvatske.
Nadbiskup Bauer, uz nazočnost crkvenih i svjetovnih odličnika, na misi 15. lipnja 1931. posvetio je crkvu Presvetoga Srca Isusova na katu s kriptom sv. Antuna Padovanskoga u donjem dijelu zgrade. Zgrada crkve nalazi se na južnom dijelu kompleksa, a smještena je u građevini s uzlaznim stubama od donjega predvorja do gornjega trijema koji je zatvoren s četiri monumentalna stupa ispred ulaza u crkvu Presvetoga Srca Isusova. Iznad ulaznoga predvorja na pjevalištu postavljene su orgulje Heferer s 22 registra. Pročelje završava trokutastom nadogradnjom krovišta sa stilizacijom Božjega oka (kipar A. Kos).
U trobrodnoj unutrašnjosti s povišenim polukružnim svetištem postavljen je glavni mramorni oltar (Beton d. d. Zagreb) s pozlaćenim svetohraništem i slikom Srca Isusova autora Ljube Babića. Pokraj svetišta se nalaze sakristija i ulazi u sjemeništarske učionice i prostorije. U pokrajnjim lađama postavljena su četiri mramorna oltara, rad V. Brezaka i Obrtne škole iz Zagreba, sa slikama Lj. Babića koje prikazuju: sv. Alojzija Gonzagu, sv. Ivana Berchmansa i sv. Stanislava Kostku (zaštitnici mladeži), sv. Josipa, Majku Božju prijestolje mudrosti – Gospu sjemenišnu (8. prosinca) i sv. Malu Tereziju.
Drvena kupola nad svetištem pokrivena je bakrom (V. Gott, L. Junc). Vitrajno ostakljivanje prozora izvela je radionica Marković i Fabry. Slike postaja križnoga puta nalaze se na bočnim zidovima. Mise su nedjeljom u 11 sati, a radnim danima u 18,30.
