Dva su glavna razloga Papine zabrinutosti za planet Zemlju: klimatske promjene i gubitak bioraznolikosti. U njegovoj su enciklici »Laudato si’« ta dva poremećaja povezana i isprepletena, što je u skladu s perspektivom integralne ekologije koja obilježava cijeli dokument. Papine poruke i upozorenja zbog pretjerane potrošnje i rasipanja, odnosno konzumerizma i neobuzdana rasta, koji uzrokuju globalno zagrijavanje, zabilježene su u svim važnim svjetskim medijima, institucijama te u znanstvenim studijama. Poznato je da je Hans Joachim Schellnhuber, svjetski stručnjak za klimatske promjene, sudjelovao kao konzultant u pripremi dijelova enciklike koji sadrže znanstvene potvrde ljudskoga utjecaja na klimu. Njegov doprinos enciklici »Laudato si’« izazvao je posebnu pozornost. Također, promatračima je zapelo za oko vrijeme objave enciklike – 18. lipnja 2015. – koji su mnogi povezali s konferencijom Ujedinjenih naroda o promjeni klime održanoj u Parizu krajem 2015. godine.
Za razliku od klimatskih tema, razmatranih u enciklici, problem narušene bioraznolikosti nije toliko »osvojio« medije i znanstvene analize. Papina upozorenja zbog nagloga gubitka mnogih vrsta prošla su ispod radara javnosti. To iznenađuje jer bioraznolikost, kao sveukupnost stvorenih životnih oblika, lajtmotiv je koji se provlači kroz cijelu encikliku. Štoviše, bioraznolikost je pojam sadržan u samom naslovu enciklike! »Laudato si’« stih je iz poznate »Pjesme stvorova« svetoga Franje Asiškoga: »Hvaljen budi, moj Gospodine, sa svim stvorenjima svojim«. Bioraznolikost je, dakle, jezik prirode kojim stvorenja hvale Boga.
Osim ekološke, bioraznolikost ima svoju estetsku, moralnu, pa i teološku strukturu.
Papa Franjo podsjeća da je bioraznolikost stvarnost koja se čita u trinitarnom ključu: »Svijet su stvorile tri Osobe… Trojstvo je ostavilo trag na svim stvorenjima.« Prema tome, bioraznolikost je vrijednost i bogatstvo odnosa koje teologija otkriva kao proslavu Stvoritelja, a ekologija kao mjeru za zdravlje okoliša i čitava planeta. Važnost bioraznolikosti potvrđuje i činjenica da je godina 2010. proglašena Međunarodnom godinom bioraznolikosti, sa službenim sloganom, s kojim bi se i papa Franjo složio – »Bioraznolikost je život«.
Zabrinut zbog gubitka bioraznolikosti, u poglavlju pod naslovom »Što se događa našemu zajedničkom domu« papa Franjo sažeto iznosi dijagnozu stanja: »Svake godine nestaju tisuće biljnih i životinjskih vrsta, koje više ne ćemo poznavati, koje naša djeca ne će vidjeti jer su zauvijek izgubljene. Najveći dio izumire zbog razloga povezanih s čovjekovim djelovanjem. Zbog nas tisuće vrsta više ne će slaviti Boga samim svojim postojanjem niti nam prenijeti svoju poruku. Nemamo pravo to činiti.«
Za razliku od izumiranja vrsta, klimatski su poremećaji vrlo uočljivi, a posljedice mjerljive. Promjena klime lakše je shvatljiva kategorija i nema dublju ekoteološku dimenziju poput bioraznolikosti. O ćudljivu vremenu, s pravom, svi govore – svakodnevno! Gubitak se bioraznolikosti, naprotiv, događa u tišini. O tome govori Papina enciklika: »Vjerojatno nas uznemiri spoznaja o izumiranju nekoga sisavca ili ptice jer su oni uočljivi. No za dobro funkcioniranje ekosustava potrebne su također gljive, alge, crvi, mali kukci, gmazovi i bezbroj raznih mikroorganizama.« Te brojne vrste nestaju gotovo nezapaženo.
Zanimljivo je da je dan nakon službene objave enciklike objavljena veoma važna znanstvena studija o gubitku bioraznolikosti. Skupina meksičkih i američkih znanstvenika prikazala je rezultate koji potvrđuju da je započelo masovno izumiranje vrsta, šesto po redu u povijesti Zemlje (Science Advances, 19. 6. 2015., 1, e1400253). Profesor Gerardo Ceballos i suradnici tvrde da je zbog ljudskoga faktora nestanak mnogih vrsta ubrzan i do 100 puta. Prema riječima profesora Caballosa, ta je tvrdnja postala znanstveni hit velikim dijelom i zbog enciklike »Laudato si’«: »Zbog sretne okolnosti istodobnih objava naša je studija postala viralna, u samo nekoliko dana naša je publikacija završila u rukama milijuna ljudi. U mnogim radijskim i televizijskim intervjuima zajedno sam sa svojim kolegama odgovarao na pitanja o vrijednosti Papine enciklike.« U kasnijim je tekstovima profesor priznao da je enciklika postala njegova inspiracija za znanstveni rad. »Veliki izazovi i (pre)mali koraci, koje smo učinili kako bismo spriječili negativne učinke našega razvoja, postali su zabrinjavajući. Potrebna nam je nada. Upravo nam je to ponudio papa Franjo kad je objavio svoju inspirativnu i neočekivanu encikliku« (The Quarterly Review of Biology 2016, 91, 285).