Nakon višestrukih istraživanja nedvojbeno je da je bl. Alojzije Stepinac za vrijeme izdržavanja kazne u zatvoru u Lepoglavi i kasnije, u vrijeme internacije u Krašiću, odlukom komunističkih vlasti sustavno trovan. Zagrebačkoga nadbiskupa nije bilo dovoljno osuditi na namještenom sudskom procesu, nego ga je trebalo potpuno eliminirati, metodama koje ne će uznemiriti međunarodnu javnost, pred kojom je komunistička Jugoslavija nastojala prikazati svoje »humano« lice. O potihom i višegodišnjem komunističkom trovanju zasužnjenoga zagrebačkoga nadbiskupa, njegovim zdravstvenim teškoćama i o nasilju koje nije prestajalo ni nakon što je blaženik preminuo govori liječnica i profesorica prof. dr. Neda Aberle. Sugovornica Glasa Koncila od devedesetih je uključena u istraživanja povezana s uzrocima i okolnostima Stepinčeva mučeništva. Tragovi otrovnih elemenata – olova, kadmija, kroma, antimona i arsena – koji su i po dvadeset puta većim dozama od normalnih ostali prisutni u Stepinčevim kostima, do danas optužuju blaženikove progonitelje, smatra dr. Aberle.
Toksikološkom analizom iz uzoraka kostiju kardinala Stepinaca utvrđene su povećane koncentracije otrovnih tvari. Koncentracija olova u kostima iznosila je 15,1 mg/kg, a normalne su vrijednosti olova u kostima 0,64 mg/kg, što znači da su izmjerene 23 puta više vrijednosti. Otrovanje olovom djeluje kumulativno, ne može se izlučiti i siguran je put prema višestrukomu oštećenju svih organa, gotovo svake stanice. Koncentracija kroma u kostima kardinala iznosila je 43,5 mg/kg. Normalne su vrijednosti kroma u kostima ispod 2 mg/kg (22 puta manje). Koncentracija antimona u kostima iznosila je 391,21 mg/kg, što je 19 puta povećano u odnosu na normalnu vrijednost antimona koja iznosi 21,38 mg/kg. U kostima bl. Stepinca bile su i povišene razine kadmija.
One su iznosile 23,5 mg/kg, a normalna je koncentracija 1,8 mg/kg (povećanje 13 puta). Koncentracija arsena iznosila je 3,8 mg/kg, što je četiri puta više u odnosu na normalne vrijednosti.
Sve navedene razine otrovnih tvari nepobitni su dokazi da je kardinal Stepinac bio sustavno trovan. Pritom se mora dodati i da su stručnjaci iz Instituta »Ruđer Bošković« izvršili analizu tla i vode u Krašiću te je analiziran lijes kardinala Stepinca i ondje nisu pronađene znatnije prisutnosti spomenutih teških metala. Na temelju svih tih činjenica vidljivo je i da Stepinčeva smrt nije bila nagla. To, jasno, negira i navode službenih dokumenata iz razdoblja komunizma. Neosporno je da je – uz multiorganska zatajenja i kardiomiopatiju kao neposredni uzrok smrti, te uz osnovnu bolest policitemiju rubru veru – trovanje teškim metalima dovelo do mučne, polagane i neizbježne smrti. Sam Stepinac zapisao je: »Svojom brutalnom silom mogu slomiti moje tijelo, ako misle da im to služi na čast, ali dušu, uz milost Božju, nikada.« Doista, komunistički mu je režim slomio tijelo i bio je uvjeren da će svoje zlodjelo sakriti. Ali mrtve kardinalove kosti i danas ih optužuju i potvrđuju da je podnio teško mučeništvo za vjernost Bogu i Katoličkoj Crkvi.
Obduciran je noću, i to uz nazočnost stotinjak članova Udbe. Službeni zapisnik s obdukcije navodi da je uzrok smrti »začepljenje plućne arterije«. Pretpostavlja se da su obducenti (dr. Palmović, dr. Volarić, dr. Bilin) bili primorani napisati takvu službenu dijagnozu. Američki liječnik koji je dolazio kod Stepinca u Krašić dr. John Lawrence naveo je da u svojoj dugogodišnjoj liječničkoj praksi s više od 300 pacijenata koji su bolovali od policitemije nikada nije imao slučaj da je pacijent umro od embolije pluća. Dr. Ludwig Heilmeyer ustvrdio je u stručnom članku i u svojim bilješkama da je kardinal Stepinac umro od druge bolesti, a ne od temeljne bolesti policitemija rubra vera. No već su na obdukciji utvrđene promjene na srcu karakteristične za kardiomiopatiju koju može osim osnovne bolesti (policitemije) izazvati intoksikacija teškim metalima, osobito antimonom. Dokazane su i patološke promjene na bubregu, kamenac u mjehuru, oštećenje jetara…
Nakon obdukcije svi su organi uklonjeni, a instrumenti zaplijenjeni, što upućuje na zaključak skrivanja tragova trovanja. Srce, koje je jedan patolog pokušao sačuvati, Udba je otkrila i dala spaliti. Službeni su dokumenti govorili i o tome da je učinjeno balzamiranje Stepinčeva tijela. Međutim nakon ekshumacije Stepinčeva tijela 1993. uslijedio je šok. Naime, kardinalovo tijelo nije bilo ni balzamirano ni konzervirano. Ono je bilo potpuno uništeno jer je prema zapisima Udbe u kardinalovo mrtvo tijelo nakon obdukcije ubrizgano 12 litara karbolne kiseline.
Zašto se uništilo mrtvo tijelo kardinala Stepinca? Jedan od odgovora jest da se prikrije trovanje koje ga je dovelo do prijevremene smrti. Postojao je velik strah da se ne bi u tijelu kardinala Stepinca pronašli otrovni sastojci. I službeno je izvješće navelo da u Stepinčevu tijelu »nije nađeno tragova otrova«.
Do ekshumacije 1993. godine moglo se samo sumnjati na trovanje budući da su o tome postojala i neka naknadna svjedočenja. No pravi su dokazi dobiveni tek nakon ekshumacije. Uzorci kostiju poslani su na analizu (s imenom, ali i anonimno) u Kemijski institut sudske medicine Sveučilišta »La Sapienza« u Rimu u lipnju 1993., gdje su utvrđene visoke koncentracije olova, kroma, kadmija i arsena. Uzorci su 2016. godine poslani i u »Forensic Genetics Center« u Torontu u Kanadi, gdje je također utvrđena razina antimona u visokim i anomalijskim količinama.
Kardinal je osjećao bolove u nogama, čemu može pridonijeti trovanje antimonom koji izaziva bol u mišićima te trovanje olovom koji uzrokuje bolove u zglobovima. Nadalje, kardinal je kašljao (liječnici govore o kataru bronha), ali to može biti i simptom trovanja kromom, antimonom, kadmijem, arsenom. Crvenoplava boja kardinalova lica i okrajina znak su policitemije, popuštanja srca, ali i djelovanja arsena. Učestalo mokrenje (30-ak mikcija tijekom noći) posljedica je ne samo infekcije, nego i poremećene funkcije antidiuretskoga hormona, koja se može javiti nakon trovanja olovom. Kamenac u mjehuru (nađen tijekom obdukcije) vjerojatno je posljedica hiperuricemije, zbog čega se stvaraju uratni kamenci (nisu vidljivi na rendgenu). Međutim na stvaranje kamenca može utjecati i trovanje kadmijem. Hematurija (krv u urinu) koja je mučila kardinala može se javiti zbog kamenca, ali i nakon trovanja olovom, kromom i arsenom. Abdominalne kolike mogu nastati zbog mokraćnih kamenaca, ali mogu biti i posljedica trovanja olovom i arsenom. Srčane tegobe koje je imao blaženik uz policitemiju se povezuju i s trovanjem olovom, arsenom i antimonom koji izazivaju kardiomiopatiju (koja je bila uzrok kardinalove polagane smrti).
Smatra se da je njegova bolest prouzročena u posljednjoj godini njegova tamnovanja u Lepoglavi. Zaključuje se to iz njegovih pritužaba na smetnje u želudcu i u nogama koje su znale biti otečene. Oticanje nogu moglo je upućivati na slabljenje srca (srčana insuficijencija), ali i na oštećenu funkciju jetara i bubrega. Nažalost nema dovoljno podataka je li to oticanje bilo jače poslije podne i navečer jer bi to mogao biti rani znak srčane insuficijencije, ili je to pak bilo u jutarnjim satima, što bi bio znak rane insuficijencije bubrega. Ubrzo nakon dolaska u Krašić nadbiskup je počeo osjećati fizičku slabost, nesanicu, znojenje, prehlade, bolove u uhu… Neprekidno je spominjao bolove u nogama, otežano hodanje, kašalj. U lipnju 1953. godine dijagnosticirana je policitemija rubra vera, bolest koja najčešće nastaje kao posljedica mutacije gena za receptore eritropoetina, a rezultira povećanom proizvodnjom eritrocita, koji se akumuliraju u koštanoj srži i u krvotoku, gdje povećavaju volumen krvi te krv postaje gušća.
Ionizirajuće zračenje, ali i teški metali mogu potaknuti mutacije gena i dovesti do oštećenja DNA i drugih simptoma, poput bujanja broja stanica, fibroze ili displazije koštane srži. Nije jasno je li policitemija bila posljedica izlaganja radioaktivnomu zračenju (koliko dugo, i u kojim dozama) ili je ona posljedica dodatnoga trovanja teškim metalima. Vjerojatna je i pretpostavka da su Stepinčevi progonitelji htjeli biti sigurni u uspješnost svojih razarajućih metoda pa su zato za svaki slučaj morali primijeniti i više mjera. Željelo se sinergijski djelovati na željeni rezultat, a to je bila smrt kardinala Stepinca. No pretpostavka da je kardinal Stepinac bio diskretno izložen radioaktivnomu zračenju ne može se isključiti, o čemu je svjedočio još i kardinal Kuharić i nekoliko drugih svećenika na crkvenom sudištu vezanom za Stepinca.
Agenti Udbe Vinko Masle i Rifat Pašić hvalili su se pred osobama (koje su također svjedočile na Crkvenom sudištu) kako su hranom trovali »zločinca Stepinca« i kako »im je to bila velika partijska čast«.
Treba napomenuti i da je on bio neprestano izložen psihičkoj torturi, kako u Lepoglavi tako i u Krašiću. U Lepoglavi nije mogao primati posjete, pisma, pakete, informacije… Doživljavao je ponižavanja: u rubrici o obrazovanju, iako je imao doktorat, napisano je samo »pismen«. Dok je išao na kupanje, zatvorenici su morali napraviti špalir i okrenuti mu leđa, tako da više nije htio ići na kupanje, nego se brisao mokrim ručnikom. Soba mu je bila iznad podrumske prostorije u kojoj su noću mučeni zatvorenici te je slušao jauke, vriskove… Nitko s njim nije smio razgovarati. Jednom je prilikom zubar koji mu je u ćeliji popravljao zube (a pri tome su dva policajca zavirivala u usnu šupljinu) izgovorio nekoliko riječi te je zbog toga proveo mjesec dana u zatvoru. U Krašiću nije imao slobodu kretanja. Kad bi pošao na šetnju, uvijek bi ga u stopu pratio policajac, a drugi je ostao nadzirati ulaz u župnu kuću. Bio je u potpunoj izolaciji jer je policija svima onemogućavala dolazak.
