Nadbiskup otvoreno, hrabro i argumentirano nastavlja u pismu upućenom 21. srpnja 1945. dr. Vladimiru Bakariću, ministru predsjedniku u Vladi Federalne Hrvatske, upozoravati na kršenje osnovnih ljudskih prava katoličkih vjernika:
»Zadržao sam se dulje kod ovih primjera g. predsjedniče, da pokažem na kakvim se temeljima osniva sudovanje vojnih sudova. Držim da je jasnije od sunca da ovo sudovanje ne može ulijevati povjerenje u svoju objektivnost. A kako oni donose masovne smrtne osude, postali su organi masovnog terora… Iz svega ovoga slijedi da se što prije, upravo odmah dokine sudovanje vojnih sudova u Hrvatskoj i prorade redoviti građanski sudovi za građanska lica. U tim sudovima, ako se zovu narodni, neka sude po narodu neposredno izabrani i kvalificirani suci. Nijedan današnji član suda ni kotarskog ni okružnog u Zagrebu, a pogotovo ne vojničkog, nije izabran od naroda, nego je imenovan odozgo!« (»Blaženi Alojzije Stepinac – svjedok Evanđelja ljubavi«, knjiga 3., priredio dr. Juraj Batelja, Postulatura blaženoga Alojzija Stepinca, Zagreb, 2010., str. 188.)
»3. Osim navedenih osuđenih svećenika Zagrebačke nadbiskupije, čitav niz sjedi još danas u zatvorima i logorima. U prilogu prilažem popis zatvorenih zagrebačkih svećenika. Za druge biskupije nisam još mogao dobiti točnih podataka. Ali koliko sam mogao do sada saznati, njihov će broj premašiti broj zatvorenih svećenika Zagrebačke nadbiskupije.
- Svakog dana primam nove obavijesti o hapšenju svećenika. Zajedno s hapšenjem vrši se prisilna rekvizicija njihovog imetka. Pečate se župni uredi i tako onemogućuje pastva vjernika. Bez ikakve zakonske odredbe vrše organi nižih vlasti diobu crkvenih nadarbina i tako na svoju ruku rješavaju agrarno pitanje crkvenih posjeda. Sve to, a osobito stalni napadaji novina na pojedine svećenike, trpanje klera u ‘reakciju’, napadaji na moju osobu, podvale i karikature u novinama, kao da ja zaštićujem one koji kliču Paveliću, izvrćanje jasnog smisla mojih okružnica u dnevnoj štampi – a bez najmanje mogućnosti, da se pogođeni javno ili na istom mjestu brane: sve to daje jasniji dojam, sve jasnije izrazuje činjenicu, da je katolički kler u ovoj državi stavljen izvan zakona. Da ga svatko može nekažnjeno napasti, oblatiti, a njemu pristaje jedino pravo da šuti, da puni zatvore i obogaćuje svojim imenima krvavu listu na smrt osuđenih. Sve to biva u isto vrijeme kada predavači, i to gospoda javni tužitelji, tumače širokim slojevima grada Zagreba deklaraciju Vlade o slobodi savjesti i slobodi vjeroispovijedanja. (str. 188.-189.)
»5. U vezi s time konstatiram činjenicu, da su katoličkoj štampi stvarno zatvorena usta. Nije dozvoljeno izlaženje lista zagrebačkih župnika s motivacijom, da nema dovoljno papira. A malo poslije, vojnici su, bez ikakve presude, iz podruma ‘Narodne tiskare’ i moga dvora odvezli vagone papira na račun partijske tiskare ‘Naprijed’, kao da je partijska tiskara državno poduzeće. I to predstavlja unicum pravne sigurnosti u kojoj živimo. Katoličkom je tjedniku ‘Novi život’ dozvoljeno izlaženje samo kao mjesečniku u tako ograničenom broju primjeraka, da je time unaprijed ugušen i prije no što se pojavio… Tako je stvarno onemogućena svaka sloboda štampe, premda i ona figurira na deklaraciji Savezne Vlade. Došli smo do stanja, da nas u štampi gotovo svakodnevno napadaju, a ne daju štampati ni jednoga katoličkoga lista. Sve to biva u eri oslobođenja i pod geslom slobode.
- Ovogodišnja bistrička procesija grada Zagreba postala je predmetom novinskog pisanja i drugih represivnih mjera protiv katoličkog klera. Stoga se moram i na nju obazreti.
Prije svega jedna konstatacija. Sve što se je dogodilo u samoj procesiji, sve je to bilo neorganizirano, spontano. Najodlučnije odbijam tvrdnju, da su reakcioni krugovi organizirali političke poklike. Pjevanje poznate pjesme ‘Hoćemo Boga’ je u Zagrebu staro. To je zapravo francuska pjesma, stara već 25 godina, i odavno je već kod nas pjevana… Konstatiram nadalje, da u procesiji i za vrijeme vjerskih obreda nije pao ni jedan politički poklik, premda mi je poznato, da su sa strane USAOH-a upućeni omladinci, da kliču političke poklike, koji su mogli izazvati protuodgovore publike, koja je to sa strane slušala. Ni Crkva ni kler nije kriv, da su ove godine tolike mase hodočastile na Bistricu. Za to će snositi odgovornost i oni, koji su punili logore i zatvore rođacima bistričkih hodočasnika. Crkva i kler nije kriv, što su bili od tisuća aklamirani. Reklamu su im opet načinili oni, koji su taj kler zatvarali i sudili na smrt…
- Pitanje vjeronauka u školi nije potakla Crkva, već oni koji su bez sporazuma i pristanka i jednog ovlaštenog crkvenog predstavnika i bez pitanja širokih narodnih masa, koje danas plebiscitarno šalju djecu na vjeronauk u svim školama, u kojima im je mali krug ljudi dozvolio, da o tome odlučuju… Pripominjem, da se u višim razredima gimnazije u velikom broju spontano javljaju za učenje vjeronauka. Zašto je njima oduzeta sloboda u ime ‘slobode’?…« (str. 189.-190.)
»Namjerice nisam spominjao postupaka, kojima su izvrgnuti katolički svećenici po zatvorima i logorima, jer je to vrlo bolno pitanje. Ali činjenice vrlo glasno govore svoju riječ. A ta je jasna. Katolička Crkva u Hrvatskoj je u stadiju svojevrsnoga progona. Ne doduše progona pod otvorenom vizurom. To danas još ne bi bilo oportuno. Nego pod vidom obračunavanja na političkom području, a u stvari s jasnom težnjom za radikalnim uništenjem svega što čini osnovu crkvenog života, a to je sloboda klera i njegovoga rada na pastorizaciji vjernika. Jer, kako statistika pokazuje, kler rapidno nestaje s površine slobodnog života u zatvorima i pod puščanim mecima.
II.
Gospodine predsjedniče! U uvodu sam napomenuo, da me svakodnevno salijeću brojni vjernici s raznim molbama, da im pomognem u njihovim potrebama. Kao njihov pastir ne mogu se oglušiti tim molbama. Zato Vam ih iznosim, da ih dobrohotno uvažite.
- Ponajprije stalo mi je do onih, koje vojni sudovi osuđuju na smrt, da doista dobe svećenika u posljednjim časovima te prime vjersku utjehu. Na primanje sakramenata u posljednjim časovima života ima pravo svaki osuđenik, pa i onaj koji je osuđen na gubitak časnih prava. Pogotovo imadu to pravo svećenici, koji su koliko imadem podataka, do sada bez pratnje justificirani. Ja sam se za vrijeme ustaškog režima mnogo zauzimao za to, da svi osuđenici mogu imati svećenika u posljednjim časovima. U tome sam konačno uspio. Držim, da ni današnji režim neće u tome zaostati te će najhitnije biti riješeno pitanje svećenika, koji će osuđenike pratiti prema njihovoj želji i zahtjevu na posljednjem putu. Neka vojne vlasti označe svećenike, u koje imadu povjerenje, i kojima ću ja moći dati za to potrebno ovlaštenje, te se ova osnovna stvar već jednom skine s dnevnog reda. Već sam više puta primio usmena obećanja u tom pravcu, ali se stvar do danas nije pomakla s mrtve točke. U međuvremenu izrekli su vojni sudovi masu smrtnih osuda, kako to dokazuju događaji na 20. o. m. pred zgradom suda na Zrinjevcu, kada je više desetaka žena saznalo, da su im muževi, odnosno braća i sinovi strijeljani.« (192.-193.)
Nastavlja se