Važne godine za franjevačku crkvu sv. Leonarda u Kotarima bile su od 1741. do 1746. U to vrijeme postavljeni su vrijedni rezbareni i oslikani oltari izrađeni tehnikom visokoga baroka s puno detalja, štukatura i ukrasa te opremljeni kipovima izrađenim u stilu tadašnjega vremena. Druga su posebnost crkve sv. Leonarda autori oltara koji su pripadali franjevačkomu redu. Tako je otac Dionizije Hoffer izradio glavni oltar sa svetohraništem, naslovnim kipom i atikom u kojoj je predstavljena Blažena Djevica Marija s Djetetom. On je napravio sličan oltar u svetištu na Trsatu, a njegov subrat otac Ive Schweiger autor je kipova svetih kraljeva Ladislava i Stjepana koji se nalaze na bočnoj strani glavnoga oltara. Na oltaru se nalazi grb donatora i latinski naslov koji kaže da je Ladislav Erdődy postavio taj oltar g. 1741.
Prikaz Djevice Marije iz atike oltara preteča je prikazu Bezgrješne i dogme od 8. prosinca 1864. Više od sto godina prije proglašenja dogme, od g. 1745. u Kotarima je djelovala Bratovština bezgrješnoga začeća Blažene Djevice Marije.
Oltar sv. Franje Asiškoga s lijeve strane do svetišta iz g. 1743. donacija je Nikole Vojkovića. Na njemu su slika i bočni kipovi sv. Ivana Kapistrana i sv. Bernardina Sijenskoga koji su rad oca Ive Schweigera. U atici oltara nalazi se slika sv. Nikole. S druge, desne strane do svetišta je oltar sv. Antuna Padovanskoga iz iste godine sa slikom i bočnim kipovima sv. Franje Solana i sv. Jakova Marhijskoga, također djelo brata Schweigera.
Kod kora su postavljeni oltari sa slikama i kipovima. Desni oltar sv. Josipa je iz g. 1746., a lijevi oltar je Blažene Djevice Marije (Bezgrješne) s kipovima sv. Katarine i sv. Barbare. Originalne su slike križnoga puta, nepoznatoga autora su iz g. 1742., kada su postavljene i prve orgulje (obnovljene g. 1992.), te barokna propovjedaonica.
Mise su nedjeljom i blagdanima u 8 i 11 sati i radnim danima u 19 sati. Proštenja su na prvu nedjelju nakon 13. srpnja (dana posvete crkve 13. srpnja 1750.) te na blagdan naslovnika 6. studenoga.
