Potres koji je 22. ožujka pogodio Zagreb teško je uzdrmao baziliku Srca Isusova, koja je i župna crkva, a prve fotografije koje su prikazale nepreglednu hrpu cigli i guste sive prašine, strovaljene na masivne drvene klupe u središnjem dijelu crkvenoga broda, šokirale su broje vjernike. U desetak sekundi potresa urušila se otprilike trećina stropa. Visoka hrpa cigli nalazi se i na prostoru kora, gdje je svod prilikom urušavanja povukao i korsku ogradu, no kor je ipak ostao čitav. Sreća u nesreći bila je to što su se i orgulje na dan potresa nalazile na obnovi. Vrijedna fresko-slikarija sv. Cecilije koja se nadvija nad korom također je izbjegla veća oštećenja. S glavnoga oltara pao je križ te se slomio, no slika Presvetoga Srca Isusova, kao i sam visoki oltar, nisu pretrpjeli veća stradanja. Statika nosivih zidova također nije nepovratno ugrožena. Velik dio umjetnina preživio je potres, a restauracija stropnih fresko-slikarija radit će se prema fotografijama i snimkama crkve prije potresa. Dobro su prošli i pokrajnji oltari, no dijelovi potkrovlja nad njima jasno svjedoče o jačini potresa. Grob bl. Ivana Merza je očuvan i do daljnjega je taj maleni prostor zapravo jedini dio bazilike u kojem se vjernici mogu sigurno kretati. Obnova bazilike uključivat će raznovrsnu tehnologiju, no kako je objasnio župnik p. Ivan Matić, cilj je u obnovi ojačati crkvu na mjestima gdje je to potrebno, da se prilikom mogućega novoga potresa ne bi ponovilo slično urušavanje. Rok obnove još uvijek nije poznat, kao ni to kada će se vjernici moći ponovno okupljati u popularnoj isusovačkoj bazilici, makar natkriveni skelama. Prostori isusovačke rezidencije pretrpjeli su manja oštećenja, ponajviše prostorije koje se nalaze na gornjim katovima samostanske zgrade.
Vjerski život za otprilike šest tisuća župljana župe Presvetoga Srca Isusova preseljen je u dvorište, to jest u dvoranu SKAC-a u sklopu kompleksa u Palmotićevoj ulici. Isusovci su također uspjeli osigurati i redovite ispovijedi za vjernike, s obzirom na to da je potres, osim Palmotićevu, iz redovitih aktivnosti izbacio i druge dvije najveće zagrebačke ispovjedaonice – katedralu i franjevačku crkvu na Kaptolu. Crkva Srca Isusova u Palmotićevoj dovršena je 1902. godine, no planiranje njezine gradnje kao dio povratka isusovaca u Zagreb trajalo je zapravo više desetljeća, od vremena nadbiskupa Jurja Haulika. Vrlo su brzo isusovci iz bazilike Srca Isusova postali prepoznati duhovnici zagrebačkih vjernika, a njihovo služenje utkano je u vjerski život hrvatske metropole.
