Samostani sv. Mihovila na otoku Ugljanu i sv. Kuzme i Damjana na Pašmanu služili su i kao utvrde za obranu Zadra. U naletu Mlečana g. 1345. uništeni su samostan i crkva na Ćokovcu, otuđen je arhiv, a koludri su bili uhićeni. Nakon rata Venecije i kralja Ludovika I. (1369. – 1418.) obnovljen je kompleks s crkvom, o čemu je postavljen zapis na spomen-ploči iznad dovratka crkve. U zapisu se spominje opat Petar Zadranin i posveta crkve sv. Kuzmi i Damjanu, Antemiju, Leonciju i Euprepiju. Tada je postavljen novi portal i kip Majke Božje s Djetetom u luneti ulaznih vrata (g. 1418.).
Samostani srednjega vijeka bili su pomirbena mjesta zavađenih knezova, plemića i gradova. U ćokovskom samostanu g. 1289. izmirili su se hrvatski ban Pavao Šubić i njegov brat Juraj sa zadarskim plemićima.
U 14. st. nekoliko uglednih monaha s Ćokovca obnašalo je važne crkvene dužnosti. Otac Martin (g. 1344.) izabran je za šibenskoga biskupa, o. Grgur (g. 1358.) nalazio se uz papu Inocenta VI. u Avignonu, od kojega je isposlovao zaštitu za samostan od samovolje mletačke vlasti, a nekoliko glagoljaških monaha s Ćokovca podučavalo je u Pragu glagoljsku pismenost i liturgiju (g. 1346.). Otci Petar Beneš i Stjepan Gradić bili su papini tajnici i vatikanski bibliotekari (g. 1683.). Novo izdanje staroslavenskoga misala priredio je o. Mate Karaman (1745. – 1771.). Posljednji monah na Ćokovcu, prije ukidanja samostana od Francuza g. 1808., bio je Petar Pletikosić (+1850.), koji je od austrijskih vlasti kupio samostan s okolnim zemljištem i oporučno ga ostavio župi u Tkonu.
Od prvobitne romaničke crkve i samostana očuvan je dio klaustra i fragmenti pleterne ornamentike. Iz g. 1492. očuvana su dva hrvatska crkvena prikazanja pisana glagoljicom. Od g. 1965. samostan ponovno djeluje, a obnavljao se pomoću Ministarstva kulture i benediktinskih samostana iz Austrije i Njemačke.
