Biskup Bäuerlein bio je doista svakodnevno pod silnim pritiscima vlasti, SDS-ovih doušnika, skupina i pojedinaca iz crkvenih krugova i izvan njih, pri čemu su se protiv njega širile brojne krivotvorine i klevete, koje su često bile ispod svake razine pristojnosti.
Jedno od najružnijih i najsramnijih optužaba protiv biskupa Bäuerleina prispjela je u SUP Osijek 28. svibnja 1966. u pismu naslovljenu ni manje ni više nego na predsjednika Josipa Broza Tita. Potpisali su ga »neki svećenici u ime mnogih«, što je teško provjerljivo jer je anonimno, koji ističu: »Dragi naš gospodine Predsjedniče, uzimamo slobodu izjaviti sljedeće: odani smo našem narodu, volimo našu domovinu, iskreni smo Vam, volimo i Vas, a kada je tako, oprostite sa dostojnim poštovanjem ističemo, da s pravom onda očekujemo od Vas razumijevanje i zaštitu.« U pismu uz ostalo stoji: »U Djakovu se nalazi pravi mali Reich i Wermacht sastavljen od klape dičnih prezimena na čelu s Führerom. Evo ih: Bauerlein, Römer, Šverer, Hirschenhauser, Bauer, Varga, Mayer, Wiesberger, Grafenauer itd. Vjerojatno je i elita časnih sestara istih prezimena.« Na tom je tragu i pogrdni naziv za biskupa »došljo«.
U taj niz ne samo prilično ružnih, nego, zapravo, i žalosnih svjedočenja u namjeri dodvoravanja vlastima s očitim ciljem nastavka školovanja na nekom drugom učilištu ili dobivanja zaposlenja mogu se svrstati i tvrdnje bogoslova koji je g. 1955. došao u đakovačku bogosloviju: »Nastavni program i sve ostalo što sam napomenuo da se sprovodi u život u bogosloviji neminovno mora stvoriti ljude, koji će biti protivni današnjem društvenom uredjenju. Ja smatram da odgovornost za sve ovo o čemu sam gore govorio snosi u prvom redu poglavarstveno osoblje a to je: biskup Bauerlein Stjepan, te prefekt i tajnik škole Kopić Ivan, koji upravljaju cjelokupnim radom, programom i životom bogoslova na VBŠ u Djakovu. Sukrivcima za ovakav rad i program na bogoslovskoj školi u Djakovu smatram i profesore, koji su predavali pojedine predmete.« Takve su izjave dobrodošle kao opravdanje za kasniju represiju i uhićenja poglavara i nekolicine bogoslova.
No sve to kao da nije utjecalo na biskupa Bäuerleina, koji je i dalje čvrsto zastupao svoja stajališta. Tako je prigodom svečanoga ručka s bogoslovima jednoga Uskrsa, prema SDS-ovoj zabilješci, naglasio: »Crkva danas proživljava svoje teške časove u našim krajevima, a vi ste oni koji će danas sutra na terenu raditi i boriti se za tu crkvu. Budite svjesni svega onoga što vas čeka već sada kao mlade bogoslove, još više kasnije kao svećenike a to je, da ćete često puta biti i proganjani i klevetani i na svaki način ismjehivani i od strane vlasti i od drugih, t.j. današnje vlasti i sadašnjih ljudi.«
Drugom je prigodom također rekao: »Crkva je u prva tri stoljeća proživljavala teško svoje doba, doba katakomba, pa ipak nakon rimskih progona crkva je ostala pobjednica. Crkva danas u našim krajevima ne stoji u najpovoljnijem položaju. Budimo svjesni, da se sadašnje stanje može promijeniti, t.j. još i nešto gore, možda katakombe XX. vijeka, pa ipak mi se ne smijemo toga plašiti, mi se moramo napajati na idejama koje su vodile prve kršćane, te svim silama boriti se svim mogućim sredstvima za crkvu u našem narodu bez obzira na žrtve, poteškoće, progone i ostalo što nas goni i što će nas goniti. Djeco moja, budite svjesni da je krv kršćana mučenika u prva tri stoljeća a i kroz povijest crkve, bila uvijek sjeme novih kršćana, pa ne zaboravite da tako mora biti i danas. Ništa zato ako od vas bude koji trpio, možda i mnogo trpio i život svoj dao za vjeru, ali neka zna da će plod kada tada ipak uslijediti. Djeco moja, ovo je moja želja i tko se osjeća spremnim i jakim za borbu na život i smrt, neka ide ovim putem i slijedi uskrslog Krista, a tko ne misli da će ispuniti ove zadatke vrata su mu otvorena u svako doba i može odmah napustiti bogosloviju.«
Drugi je bogoslov na saslušanju zapravo potvrdio SDS-ovim istražiteljima biskupovu zauzetost za dobro biskupije. Naime, biskup je u razgovoru ustvrdio kako »rastu gradovi i gradići, pa gdje je nekada bila dosta jedna župa sada bi trebale tri«: »Sjećam se kao primjer da je spomenuo Slavonski Brod koji naglo raste, a ima samo jednu župu. Zatim je konstatirao da su posebni problemi djeca, odnosno održavanje vjeronauka. Budući da se vjeronauk ne predaje u školi pod onim povoljnim uvjetima koje škola pruža, to je predavanje vjeronauka izvan škole mnogo puta teže. Većina župa nema pogodne prostorije a ni svi župnici nisu specijalno spremljeni za katehizaciju. Za to je on i nama propagirao i tražio od župnika da što prije naprave u crkvi ili uz crkvu neke pogodne prostorije za vjeronauk, da svi nabave pisaće table, da koriste slike i filmove i druga sredstva zorne obuke.«
Još je jedan bogoslov đakovačke biskupije na saslušanju i nesvjesno svjedočio o biskupovoj skrbi za dobrobit svakoga pojedinoga člana Crkve. On je prepričao kako je 22. rujna 1955. biskup sedmorici bogoslova koji su trebali otići na odsluženje vojnoga roka poručio neka sačuvaju vjeru jer je »bilo ranije takovih koji su za vrijeme boravka u JNA napustili bogosloviju i davali u štampi svoje izjave da se odriču vjere i zvanja«.
Završetak
