Jugoslavenskoj je tajnoj policiji svaka zauzetost biskupa Bäuerleina za unaprjeđivanje crkvenoga života na području kateheze, izdavaštva, vjerničkoga zajedništva i zauzetosti u župnim zajednicama, okupljanja mladih, vjerodostojnosti svećenika u osobnim životima, denacionalizacije i sl. bila proglašavana »neprijateljskom«, »ustaškom« i »protunarodnom«. Stoga ne čudi da su djelatnici SDS-a imali prilično razloga za zabrinutost, o čemu govore njihova izvješća, ocjene i analize.
Tako je o razgovoru SDS-ovih djelatnika 14. studenoga 1967. sa svećenikom… iz… zapisano da »globalnu organizaciju laičkog apostolata na području biskupije Djakovo vodi u cijelosti biskup Bauerlein Stjepan«. U nastavku taj svećenik spominje da ima zadatak napisati okružnicu s preciziranim zadatcima o osnivanju pastoralnih grupa na svim župama Đakovačke biskupije. »Okružnica treba da se dostavi župnicima do l.III 1968.g. na osnovu koje treba da se pripremi sjednica svećenika koja treba da se održi do 15.III 1968.g. u vezi laičkog pastorala. Nastojat ću pribaviti zaključke i s ove sjednice.«
Prema izvještaju »Filipa« od 22. siječnja 1968. »biskup Bauerlein priprema neku anketu o ispitivanju javnog mnijenja sigurnih vjernika u pravcu pastorizacije laika na području biskupije Djakovo«.
Iz izvješća splitskoga suradnika »Vlahe« od 12. studenoga 1964., koje je obradila SDS-ova dužnosnica Anka Alujević, može se zaključiti da je biskupa Bäuerleina mučilo više neriješenih problema i poteškoća ključnih za crkveni život koje su stvarale vlasti. To je bio razlog njegova jasnoga stajališta prema uspostavi diplomatskih odnosa između Vatikana i Jugoslavije: »Komunisti neće odstupiti od svojih pozicija. Prema tome, jedan takav bi dogovor doveo crkvu u slabiji položaj… a što joj ne daje nikakve položaje u budućnosti da dobije više, naročito u pogledu vjeronauka, vjerske štampe, denacionalizacije crkvenih objekata itd.«
Biskupu su na srcu, razumljivo, bili mladi, kako se to ističe u zabilješki o proslavi 250. godišnjice Gospina svetišta u Aljmašu 11. rujna 1954.: »U nekoliko navrata je Bauerlein u svojoj propovijedi klevetao naše državno uređenje, ističući kako se kod nas progoni crkva, kako se nastoji udaljiti od crkve, osobito omladinu…«
Stalo mu je i do svećeničkoga podmlatka na užas SDS-a: »’Luka’ je bio na krizmi koju je 19.7.1963. godine Bauerlein obavio u Semeljcima. Pozivao je roditelje, da djecu šalju u sjemeništa i pozivao vjernike, da svojim darovima pomognu popravak katedrale u Djakovu.«
O njegovoj materijalnoj skrbi ne samo za katedralu i središnje biskupijske ustanove, nego i siromašne župe, posvjedočio je suradnik »Žarko« u svom izvješću od 26. ožujka 1962. o biskupovu dolasku iz Rima s Koncila, kada mu je »tom prilikom priredjen svečani doček u djakovačkoj biskupiji«. »Ovom ceremonijalu prisustvovali su profesori i bogoslovi. Nakon ovoga održao je sastanak sa rukovodiocima biskupije, prenio im svoje utiske sa koncila i poruku pape. Izrazio je zadovoljstvo, kako je lijepo primljen kod pape. Dobio je neke knjige za vršenje mise, a koje su namjenjene siromašnoj župi, koja nema mogućnosti da si nabavi ovakove knjige.« Kada je riječ o Koncilu, jedno izvješće potvrđuje da je biskup Bäuerlein o njemu imao vrlo živu komunikaciju s brojnim zainteresiranim osobama: »Biskup je primio mnogo pisama od svećenika iz zemlje i inostranstva. U ovim pismima mnogi davali su svoja mišljenja i sugestije na budući rad koncila.«
Mnogima se nimalo nije svidio biskupov odnos prema svećenicima, o čemu piše suradnik »Tomislav« od 24. listopada 1953.: »U poslednje vrijeme biskup sve više zaoštrava svoj stav prema svojim podredjenima, vrši premještaj svećenika. Vodi računa o svim njihovim greškama u ličnom životu i inače o svemu. Dalje govori se u izvještaju da Bauerlein imade medju svećenicima svoju ob. (obavještajnu, op. a.) službu, koji ga lično obavještavaju o svemu što se desi u župi.«
Na to se nadovezuje i drugo izvješće: »’Filip’ izvještava 10.1.1964., da Šverer (đakovački kanonik, op. a.) prenosi na biskupa, da neki svećenici nerado idu na selo, a biskup nato kaže: ‘Ne dozvoljavam anarhiju i mora se ići tamo, gdje ja koga odredim.’«
Biskupova se strogost prema svećenicima naslućuje i u savjetu SDS-ovu suradniku »Električaru« prilikom njegova napuštanja bogoslovije »da je bolje biti religiozni laik nego zao svećenik« (zabilješka od 7. 9. 1962.).
Na top-listi biskupovih »neprijateljskih aktivnosti« svakako je bilo njegovo beskompromisno svrstavanje uz zagrebačkoga nadbiskupa Alojzija Stepinca, što su SDS-ovi isljednici itekako dobro znali. To im je i jedan bogoslov Vrhbosanske nadbiskupije na studiju u Đakovu na saslušanju potvrdio: »U više navrata razgovarao sam sa biskupom Bauerleinom o Udruženju katoličkih svećenika. On je rekao da je to jedan vid kompromisa sa komunistima i da on to osudjuje.« U nastavku je također posvjedočio kako je biskup čvrsto uvjeren da je nadbiskup Stepinac »nepravilno osuđen«, što u to doba za državne vlasti bio Bäuerleinov magnum crimen.
Nastavlja se