Uz pastoralnu angažiranost i potporu zagrebačkomu nadbiskupu Alojziju Stepincu, jugoslavenska je tajna policija visoko na ljestvicu »protunarodne djelatnosti« biskupa Bäuerleina stavila i njegov odnos prema staleškim udruženjima katoličkih svećenika, koje su forsirale komunističke vlasti, svojevrsnomu »trojanskomu konju« u Katoličkoj Crkvi u ondašnjoj Jugoslaviji. O tome govori i SDS-ova analiza u dosjeu:
»Godine 1953. Bauerlein na području svoje biskupije raspisao je deklaraciju, gdje sugerira svim svećenicima koji pristupe u staleško udruženje katoličkih svećenika, da će biti kažnjeni od Ordinarijata. U koliko netko pristupi bez odobrenja ordinarijata smatrat će se da pripada ilegalnim organizacijama. Na osnovu ovog Kotarsko javno tužilaštvo Djakovo pokrenulo je izvidjaj, te je Bauerleina biskupa saslušavalo po tim pitanjima. Branio se sa slobode i bilo mu je ograničeno kretanje, pošto se vodio izvidjaj. Radi ovog djela nije sudjen. Kroz njegovu korespodenciju vidi se, da u vezi staleškog udruženja je stalno imao odredjeni stav nepristupanja u udruženje, a to je naredjivao i svojim počinjenima.«
Biskup Bäuerlein zajedno s ostalim hrvatskim (nad)biskupima itekako je bio svjestan zašto su se komunističke vlasti nakon žestokih progona, montiranih sudskih procesa i ubojstava katoličkih svećenika silno brinule za tobožnje pravo svećenika na udruživanje u svećenička staleška udruženja. O stvarnoj naravi svećeničkih udruženja djelomice svjedoči i izvješće Petra Masnića, predsjednika Udruženja katoličkih svećenika SR Srbije, jugoslavenskoj tajnoj policiji o njegovu posjetu biskupu Bäuerleinu l0. veljače 1966. Do susreta je »došlo na inicijativu Masnića«, kako stoji u zabilješci, a čelnik katoličkih »udruženjaša« u Srbiji čini se da je solidno »odradio« povjerenu mu zadaću: »Poslije nekih čisto praktičnih pitanja vezanih za Udruženje, Masnić je rekao da je došao do izvjesnih interesantnih podataka za koje vjeruje da interesiraju i našu komisiju, a vjerojatno i druge faktore.« Riječ je, konkretno, o dvjema tužbama nekih profesora đakovačke bogoslovije upućenim Rimu protiv biskupa.
U jednom je govoru đakovačkim bogoslovima također iznio svoje čvrsto stajalište prema svećenicima u udruženjima, kako to stoji u SDS-ovu dosjeu:
»Bauerlein je pozivao bogoslove na mučeništvo, da budu spremni sve izdržati, jer bezbožništvo je danas komunizam. Govorio je biskup da hrvatsko svećenstvo ne može se pomiriti sa narodnom vlasti i osudjuje svećenike koji su u staleškom udruženju…«
Njegova ga je ustrajnost prema »udruženjašima«, očekivano, dovela do stolice u Javnom tužiteljstvu kotara Đakovo 8. listopada 1952. U zapisniku o saslušanju pred okružnim javnim tužiteljem Gojkom Prodanićem i zapisničarkom Zdenkom Domijan na početku ga se tereti: »Kao naslovni biskup djakovačke biskupije sa jurisdikcijom na teritoriju djakovačke biskupije prisustvovao plenumu biskupske konferencije, koja je održana 25.IX., odnosno koja održana u vremenu od 25. do 26. IX. og. u Zagrebu. Na ovoj konferenciji donešena je deklaracija kojom se ne dopušta pristupanje, odnosno ispravnije je, ne dopušta osnivanje i učlanjivanje svećenika u staleške organizacije odnosno u svećenička udruženja.«
Nakon citiranoga pomalo nespretnoga uvoda, uslijedilo je ključno pitanje o broju spomenute deklaracije koju je biskup razaslao po svojoj biskupiji, na što je prilično smireno odgovorio:
»Na samoj konferenciji primio sam jedan primjerak deklaracije o kojoj je gore bila riječ. Po povratku sa konferencije u Đakovu pri koncu mjeseca rujna dao sam umnožiti na šapirografu oko 130 primjeraka na latinskom jeziku ovu deklaraciju od kojih sam poštom ili osobno predao svećenicima naše biskupije jedan veći dio, tako da je ostala jedna manja količina ovih prepisa u kancelariji ordinarijata. U kancelariji biskupije može se utvrditi broj poslanih primjeraka a ostale neodaslane primjerke voljan sam predati javnom tužioštvu okruga Osijek.«
Svjestan kako je postigao svoj cilj – da su gotovo svi svećenici u biskupiji bili informirani o stavu hrvatskih biskupa, izrazio je spremnost na suradnju s vlastima, što je jedan od rijetkih slučajeva kada je o njemu riječ:
»Isto tako voljan sam da odmah još danas zatražim od svećenika da i povrate uručene primjerke. U koliko u roku od 5 dana te primjerke sve primim predat ću ih javnom tužiocu okruga Osijek ili u roku od 5 dana predat ću sve primjerke koje za to vrijeme sakupim. Umnožavanje gore navedene deklaracije izvršio sam iz discipline prema samoj obavezi plenuma i nisam znao da je ta deklaracija u protivnosti s ustavnim propisima i ostalim pozitivnim propisima našeg zakonodavstva. Danas kad sam pismeno obaviješten izjavljujem da iste više neću rasparčavati, a niti ću pismeno istu propagirati…«
Na kraju je ipak dodao: »Dok si zadržavam pravo da usmeno po istoj diskutiram.« Tužitelj Prodanić odmah je reagirao na biskupovu lukavu mogućnost da i dalje usmeno napada svećenička staleška udruženja, no čini se bez uspjeha:
»Javni tužilac na ovu izjavu gosp. biskupa primjećuje da je i usmena propaganda ove deklaracije nedozvoljena, našto gosp. biskup izjavljuje, da on diskusiju o ovoj deklaraciji ne smatra usmenom propagandom, već samo diskusijom što smatra da je dozvoljeno.«
Nastavlja se