Nadbiskup Alojzije Stepinac u pismu dr. Vladimiru Bakariću, onodobnomu predsjedniku Vlade Federalne Hrvatske od 11. kolovoza 1945. i dalje analizira postupke komunističkih vlasti prema vjerskomu odgoju upozoravajući na njihovu neopravdanost, neutemeljenost i štetnost te na kraju iznosi nedvojbeno jasne zahtjeve, za što je u ono doba bila potrebna iznimna hrabrost: »No, ni sa stajališta slobode vjeroispovijedanja i slobode savjesti, koja je usvojila Savezna vlada i Vlada Federalne Hrvatske, ne može se opravdati današnja gore iznešena praksa… Ako se vlast postavi na načelo slobode savjesti i smatra ga svetinjom pa zato ne dozvoljava da se ikome nameće vjerska pouka, koji je neće, kako je ta ista vlast može zabraniti onome, koji po svojoj savjesti hoće vjersku obuku u višim razredima srednjih škola?« (»Blaženi Alojzije Stepinac – svjedok Evanđelja ljubavi«, knjiga 3., priredio dr. Juraj Batelja, Postulatura blaženoga Alojzija Stepinca, Zagreb, 2010., str. 212.).
»Odluka predsjedništva ZAVNOH-a, koja u Hrvatskoj ne dozvoljava vjerske obuke u višim razredima srednjih škola, očevidno je kršenje slobode savjesti i ne da se opravdati ničim drugim nego neprijateljstvom prema religiji uopće, dotično drugim ekskluzivističkim, recimo otvoreno, materijalističkim nazorom na svijet. Ma kakvo naziranje na svijet imali donosioci odluke o zabrani vjeronauka u višim razredima srednjih škola, oni, sa stajališta slobode savjesti, koju traže za sebe ne bi nikako smjeli po postulatu zdravog razuma, kratiti te slobode drugima. Tu ništa ne mijenja na stvari, ako se sve odluke predsjedništva ZAVNOH-a nazivlju demokratskim, pa se sve one, koji uviđaju njihovu nelogičnost, jednostavno proglasi reakcionerima, profašistima, a opravdana kritika te odluke napadom na narodnu vlast. To je vrlo jednostavno i komotno. Ali je isto tako daleko od one demokracije, koja poštuje narodne tradicije i volju roditelja, kako imaju biti njihova djeca odgajana, i volju same mladeži, koja u višim razredima želi slušati vjeronauk. Da je tome tako, vidi se po primjeru Beograda. Ako je u Beogradu mogao biti dozvoljen vjeronauk u višim razredima srednjih škola, po načelu slobode savjesti, zašto to nije u Zagrebu? Zar u Zagrebu vrijedi druga logika, ili druga sloboda savjesti? Ili gdje je demokracija u ovom pitanju, u Beogradu ili u Zagrebu?
Zatim, moram upozoriti, da je vjeronauk vazda smatran eminentno odgojnim predmetom. Skroz je neispravno mišljenje, da je on nastavni predmet kao i svaki drugi. Tko tako misli, očito ne poznaje ili neće poznavati cilja i naravi vjeronaučne obuke u školama. Ona je prvotno odgojna. U našim školama ostvarili smo nastavni program, upravo pod tim vidom udešen, da odgovara svim suvremenim zahtjevima pedagoške znanosti… Sloboda savjesti i vjeroispovijedanja traži, da učenici, koji žele i polaze vjeronauk mogu slobodno vršiti svoje vjerske dužnosti, i da ih škola u tome ne smeta. To će se postići tako da imaju posve slobodno vrijeme i od škole nesmetano kod polaska nedjeljne službe Božje, kako je to bilo u predratnoj Jugoslaviji. Ako školska mladež može iz daleko neznatnijih razloga dobiti slobodu izbivanja iz škole, onda je iz pedagoških razloga više nego opravdano, da ima slobodno vrijeme za vršenje svoga vjeroispovijedanja« (str. 212.-214.).
»Načelo slobode vjeroispovijedanja i slobode savjesti traži, da država dozvoli Crkvi podržavanje njezinih dječačkih sjemeništa i privatnih gimnazija katoličkih redova. Crkva ne može smatrati dovoljnim, onaj vjersko-moralni odgoj svojih budućih svećenika, što ga pružaju državne škole. Ona je zato svojim Zakonikom propisala osnivanje dječačkih sjemeništa, u kojima daje kandidatima svećeničkog zvanja potrebni prikladni odgoj. Nije u skladu s priznatom slobodom vjeroispovijedanja, kad se dječačkim sjemeništima oduzima mogućnost djelovanja već time, što su im zgrade zaposjednute, ili što se agrarnom reformom oduzimlje Crkvi ono zemljište, koje služi jedino i isključivo za uzdržavanje đaka, ponajviše seljačkih sinova.
Pogotovo nije u skladu sa slobodom savjesti, ako se ukidaju privatne škole pod upravom Crkve. I tu istinska demokracija, prava narodna vlast, neće tjerati roditelje, da daju djecu samo u državne škole, ako čitav smjer njihova odgoja ignorira vjeru, i ako je isključuje iz najsudbonosnijih godina duševnoga razvoja, u doba puberteta. Takav smjer odgoja može biti u nekim glavama već odavno zamišljen i za nj stvoren plan, ali to ne znači, da je taj u skladu s narodnim duhom i njegovim vrhovnim tradicijama. Nasuprot otvoreno možemo konstatirati, da je takav religiozni odgoj, kakav se želi odlukom predsjedništva ZAVNOH-a uvesti u više razrede srednjih škola, protivan hrvatskom i slavenskom narodnom duhu, koji je, kako je poznato, bitno oblikovan po katolicizmu. Uvjeren sam, da će danas većina roditelja i same mladeži tražiti kršćanski odgoj u svim školama. Zato je i zbog načela slobode savjesti u istinskoj demokraciji samo po sebi razumljivo, da se dozvoljavaju privatne škole katoličkih redova i Crkve. To nije zabranjeno ni u laičkoj Francuskoj, koju je njezino protucrkveno školsko zakonodavstvo god. 1906. dovelo do nasilne rastave Crkve i države i do otvorenoga progona Crkve… Slobodu privatnih gimnazija preporučuju i razlozi štednje. Danas, kad je država puna razvalina, kad nema ni dovoljno financijskih sredstava za ogromno djelo narodne obnove, razlozi državne štednje gotovo imperativno nalažu da se čuvaju privatne škole. U njima se može, jednako kao i za predratne Jugoslavije, osigurati narodni i državni odgoj putem jedinstvenog nastavnog plana i nadzora sa strane školskih vlasti.« (str. 214.-215.).
NASTAVJA SE