Bio je svjestan da se ništa u povijesti spasenja – bilo u osobnom životu, bilo u Crkvi Božjoj i svijetu – ne događa bez molitve Duhu Svetomu i bez pomoći njegovih darova. Jedino s njegovim darovima možemo postići uspjeh u dobrim djelima i steći plodove kao što su ljubav, radost, mir i strpljivost.
U svojim je propovijedima blaženi Stepinac poticao na redovitu molitvu Duhu Svetomu. Tako je u jednoj homiliji rekao: “Ne bi smjelo biti dana u našem životu da se ne preporučimo Bogu Duhu Svetomu da nas krijepi u borbi protiv grijeha i zla i da nam pomogne do pobjede nad neprijateljima naše duše. Strašna je stvar opirati se milosti Duha Svetoga.” Osim što je u molitvi Duhu Svetomu vidio veliku pomoć za život, vidio je i veliku opasnost u odbijanju pomoći Duha Svetoga. Više je puta o tome govorio, bilo u homilijama ili pismima, jer je primijetio da su kršćani zanemarili pobožnost prema njemu, a protivnici Crkve odbijali su nadahnuća Duha Svetoga. Tvrdio je da će kršćani jedino kroz pobožnost Duhu Svetomu iskusiti njegovu snagu.
Duh Sveti je tješitelj, branitelj i pomoćnik u trenutcima teškoća. O djelovanju Duha Svetoga Stepinac je govorio u dojmljivoj okružnici upućenoj svim vjernicima Zagrebačke nadbiskupije 7. siječnja 1945. godine. Naslov tog pisma bio je: “O pouzdanju u Boga u strašnim vremenima koja proživljavamo”. Budući da je još uvijek trajao Drugi svjetski rat, želio je ohrabriti one koji su klonuli duhom i opomenuti one koji su činili zlo. Sve strahote rata nisu razlog za gubljenje vjere, nego za još veće pouzdanje u Boga koji po svojem Svetom Duhu brine za svijet. Koristeći se brojnim primjerima iz Svetoga pisma tumačio je kako je Bog dopustio mnoge kušnje i nevolje, no nikad nije napustio svoj narod. U zaključku poziva na prekid sa svim grijesima jer je upravo grijeh zaprjeka koju stavljamo pred Božjom milošću. Čovjek svojim silama ne će moći nadvladati sve nevolje, no može mijenjati sebe uz pomoć Duha Svetoga i zagovor Blažene Djevice Marije.
Pobožnost Duhu Svetomu kakvu nam predlaže naš blaženi Alojzije Stepinac nalazi se u susretu ljudskoga duha koji ustrajno moli i Božjega Duha koji poput vjetra i ognja snažno zahvaća dušu molitelja. U toj pobožnosti čovjek stječe veće pouzdanje u Boga, a Duh Sveti svojim mu darovima daje sposobnost nadvladati svako zlo.
