Kardinal Franjo Šeper, kao duhovni i intelektualni velikan – izrastao u razdoblju druge polovice 20. st., jednom od općenito najtežih razdoblja u povijesti Crkve, kako one univerzalne tako i one u Hrvata – odavno je nadišao okvire službene crkvene historiografije, pa se tako njime bave i neklerički povjesničari i istraživači. Među njima su zapažene radove objavili dr. Josip Kajinić s knjigom »Kardinal Franjo Šeper – uloga i značenje u promjenama u Katoličkoj Crkvi i društvu« te izv. prof. dr. Daniel Miščin s knjigom »Poetika dviju usporednih smrti – Miroslav Krleža i Franjo Šeper«, koji su o okrugloj godišnjici smrti kardinala Šepera svoja promišljanja rado podijelili s čitateljima Glasa Koncila.
Niz je žarišnih točaka iz života kardinala Franje Šepera koje bi pojedinačno zaslužile knjigu od nekoliko stotina stranica – od službe rektora zagrebačke bogoslovije u prvim godinama komunizma preko župničke službe u zagrebačkom Trnju, povjerenja koje je u njega ulagao zasužnjeni kardinal Alojzije Stepinac, kojega je Šeper i naslijedio na čelu Zagrebačke nadbiskupije, uloge na Drugom vatikanskom koncilu i osnivanja Glasa Koncila sve do Šeperova odlaska u Rim i službe prefekta Kongregacije za nauk vjere… Sve je to na pregledan način u svojoj knjizi, koja je plod petnaestogodišnjega istraživanja lika i djela kardinala Šepera, prikazao dr. Kajinić.
Neizbrisiv trag koji je iza sebe ostavio kardinal Šeper može se, smatra dr. Kajinić, slikovito opisati i športskim rječnikom. »Ljudi često očekuju krupne korake, što je u ljudskoj prirodi, međutim velike se stvari ostvaruju malim koracima. Svaki veliki športski uspjeh rezultat je dugoga i sustavnoga rada, u kojem su bitni i detalji, odnosno mali koraci. S druge strane svaki veliki rezultat, koji je iznenada u jednom trenutku postignut, teško je očuvati i(li) nastaviti te nakon njega uvijek slijedi pad.
I upravo na osnovi te slikovite usporedbe mogu ustvrditi da je kardinal Šeper postigao veoma mnogo, kroz mnogo malih koraka.«
Argumenata u prilog tomu tumačenju ne nedostaje. U okolnostima komunističkoga režima u Hrvatskoj u vrijeme zagrebačkoga nadbiskupa Šepera malo-pomalo oživljen je vjerski tisak i crkvena izdavačka djelatnost općenito, revitalizirana je odgojno-obrazovna komponenta Crkve kao zalog njezine budućnosti, osnovan je veći broj novih institucija, kao što su Katehetski institut i Institut za crkvenu glazbu, uspijevali su se obnoviti te izgraditi novi sakralni objekti, osnivale su se nove župe, a obnovilo se i djelovanje Caritasa, nabrojio je sugovornik te dodao: »Sve to Šeper je postigao zahvaljujući svojim karakternim osobinama te svom iznimnom obrazovanju. Naposljetku u oči upada činjenica da iako je vršio brojne vrlo visoke dužnosti, iza kardinala Šepera nema kontroverza i problematičnih pitanja, što je već samo po sebi iznimna činjenica. Također sam uočio da je Šeper puno slušao ljude oko sebe. Nastojao je saslušati druge te nakon toga donositi zaključke jer se svaka kvalitetna odluka ne donosi ishitreno i na brzinu.«
Kao prijeporna točka ne samo u djelovanju Šepera kao onodobnoga zagrebačkoga nadbiskupa, nego i Crkve u cjelini, često se nameće pitanje dijaloga šezdesetih s komunističkim režimima, koji je u Jugoslaviji započeo Protokolom iz 1966. i postupnom obnovom diplomatskih odnosa, naprasno prekinutih 1952. godine. Unatoč početnom protivljenju tomu procesu, nadbiskup Šeper poštovao je odluku pape Pavla VI. »Kardinal Šeper bio je svjestan vremena i prostora u kojem je živio i djelovao i prihvaćao je činjenicu da je komunistički režim u tom trenutku bio zadana društvena realnost, s kojom je nuždan dijalog jer bez njega ništa nije moguće postići. Najzad, potpisivanjem Protokola postiglo se nešto vrlo bitno za Katoličku Crkvu. Komunističke vlasti, koje su se nakon dolaska na vlast u Hrvatskoj i Jugoslaviji svim silama trudile odcijepiti Crkvu od Rima, s Protokolom su priznale vrhovnu crkvenu vlast pape, i nad Crkvom koja je djelovala na prostorima pod njezinom vlašću. Sloboda Crkve i njezin opstanak upravo su bili ponajprije uvjetovani činjenicom da je njezina vrhovna uprava, predvođena papom, bila smještena izvan dosega komunističkoga režima. Protokolom su njezina sloboda upravljanja i pravo organizacije Crkve na terenu, imenovanje novih biskupa i nadbiskupa i u službenoj formi bili priznati… Crkva je postigla uspjeh. Potvrdu toga vidimo iz kasnijih zbivanja sedamdesetih i osamdesetih, gdje je opet ‘malim koracima’, s vremenom postignut konačan cilj potpune slobode, koju svi mi i Crkva dakako baštinimo od 1990. godine.«
Kada je 1968. imenovan prefektom Kongregacije za nauk vjere, Šeper je bio prva osoba iz neke komunističke zemlje imenovana na neku tako visoku crkvenu dužnost. Poljski kardinal Władisław Rubin imenovan je prefektom Kongregacije za istočne Crkve 1980. godine, slovački kardinal Jozef Tomko prefektom Kongregacije za evangelizaciju naroda 1985. godine. Dr. Kajinić smatra da se Šeperovo imenovanje može smatrati i otvaranjem vrata za izbor Karola Wojtyłe za papu Ivana Pavla II. »To samo pokazuje da se Crkva jasno odredila da birajući svoje vodstvo, jasno uz sve druge kvalitete izabranih osoba, uzme u obzir da to bude netko iz zemalja s prostora pod vlašću komunizma, koji je tada bio jedan od glavnih fokusa Crkve u globalnim razmjerima«, dodaje sugovornik.
U ponedjeljak 4. siječnja 1982. u Zagrebu su bila izložena tijela dvojice pokojnika – kardinala Franje Šepera i Miroslava Krleže. Događaj je nadahnuo dr. Miščina za pisanje pomalo neuobičajene knjige »Poetika dviju usporednih smrti«.
S obzirom na to da su se toga dana veća mnoštva okupila oko pokojnoga kardinala Šepera nego oko dijelom režiranoga masovnoga okupljanja oko pokojnoga Krleže, taj se događaj, smatra dr. Miščin, može smatrati i svojevrsnim hrvatskim plebiscitom, događajem koji je najavio zbivanja devedesetih. »Međutim, zaustavljanje razmišljanja pred tom izvjesnošću skrilo bi ono bitno. Tu sliku treba, da se poslužim slavnim pojmom Mihaila Bahtina, gledati ‘polifonijski’. Ako je ona doista slika jednoga vremena i hrvatske sudbine, valja težiti ne toliko isticanju nepremostive granice između tih dviju osoba, međusobne neusporedivosti njihovih svjetova. Korisnijim mi se čini drukčiji, obuhvatni pogled. On u istovremenosti dviju zastava, vatikanske postavljene u sjenu Šeperova odra i zastave Saveza komunista kojom je bio pokriven Krležin lijes nalazi baš onaj otisak duha vremena koji sam spominjao. S takvim bi pogledom, uvjeren sam, bio zadovoljan i Šeper, a osobito Krleža, i to posebice iz perspektive njegova romana ‘Zastave’«, objašnjava dr. Miščin.
Knjiga dr. Miščina donosi i rijetko poznato pismo u kojem je kardinal Šeper Krleži u travnju 1981. uputio dirljive riječi vezano uz smrt njegove supruge Bele Krleže. Naime, Šepera s Krležom donekle povezuje i to da je njegova brata Mirka, uglednoga arheologa, povjesničara umjetnosti i poliglota, Krleža zaposlio u Leksikografskom zavodu, iako su ga komunisti etiketirali kao ustašu i namjeravali ga ostaviti na cesti.
Ipak, ono što golica maštu jest činjenica da je smrt na neki način u istom danu ujedinila i Šepera i Krležu, premda su dijelili dijametralna stajališta kada je riječ o zagrobnom životu. U odgovoru na to pitanje, smatra dr. Miščin, kao nadahnuće može poslužiti vizija »plesa smrti« Julija Klovića iz Časoslova Farnese. »Smrt sjedi na istaknutu tronu, a pod nogama joj predstavnici svih ljudskih slojeva i staleža. Spominjem to zato što osjećam u sebi poštovanje pred ljudskim stajanjem u sjeni smrti. Čini mi se da je u tom stajanju koje je Krleža, osjećajući primicanje kraja svoga života, sažeo u uzdah: ‘Mene zemlja zove!’ važno upravo ono što je duboko ljudsko, ujedinjavajuće čak i bez obzira na sve razlike. I u Šeperovim tekstovima iz sjene smrti, uz svu nepokolebljivost njegove vjere u uskrsnuće, može se pronaći i taj nezatomljivi osjećaj vlastite konačnosti. Taj osjećaj, baš ako je ljudski, uvijek je potopljen u mješavinu straha i nade«, zaključuje dr. Miščin.