Komunistički je režim Glas Koncila nadzirao od objave njegova prvoga broja. Zapaženu je ulogu u toj nečasnoj raboti imala posebna Komisija za odnose s vjerskim zajednicama Izvršnoga vijeća Sabora Socijalističke Republike Hrvatske. I za nju je Glas Koncila bio opasan protivnik. Prema jednoj ranijoj ocjeni Komisije tjednik je »postao najjači propagandni centar Katoličke crkve u našoj zemlji te ima znatni utjecaj na ponašanje i stavove katoličkog klera i vjernika kako prema događajima i procesima u postkoncilskoj Crkvi, tako i prema društvenoj stvarnosti i položaju crkve u našem samoupravljačkom društvu«. Dok je međutim tajna politička policija revno prisluškivala telefonske razgovore vođene u prostorijama lista, neovlašteno otvarala poštu autora i suradnika te marljivo prikupljala povjerljive razgovore članova uredništva, dotle su zaposlenici spomenute Komisije jednakim žarom čitali Glas Koncila. Doista, sada u potpunosti dostupno gradivo Komisije sadrži stotine stranica analize pisanja različitih vjerskih glasila, a na prvom mjestu Glasa Koncila. Trebalo bi ih naravno sabrati, popratiti stručnim komentarima i objaviti. Ovaj tekst uz 58. obljetnicu djelovanja Glasa Koncila, koja pada početkom listopada, donosi jednu takvu analizu pisanja lista za 1985., koju su načinili radnici Komisije i koja je dostavljena odabranim članovima Centralnoga komiteta Saveza komunista Hrvatske. Važno je pritom imati na umu da je riječ o analizi autora koji pisanje Glasa Koncila unaprijed smatra neprijateljskom pojavom.
Ni pitanje režimskoga promicanja ateizma, u prvom redu kao jednoga vida tumačenja marksističke doktrine, još nije dobilo zasluženu pozornost hrvatske historiografije. Premda ateizam nije imao ulogu službene doktrine, komunistički ga je režim svejedno sustavno promicao. Čini se ponajviše preko niza praktičnih postupaka u poljima odgoja, obrazovanja i javnoga informiranja kojima je bio cilj uspostava javne percepcije o, s jedne strane, opasnosti koja navodno prijeti pojedincu i društvu od praktične religioznosti (odlazaka na misu, hodočašća i zavjetnih putovanja, molitvenih okupljanja i sl.), a s druge njezinoj navodnoj preživjelosti. Pozornost je stoga marljivih čitača Komisije privukla božićna poruka kardinala Franje Kuharića, objavljena u prvom broju lista za 1985. Posebno pak sljedeća rečenica: »Ateizacija svijeta izazov je i poziv nama vjernicima da sami sebi i drugima ponovno i ponovno«, naglasio je kardinal, »opravdavamo svoju vjeru i životom je potvrđujemo. U zemljama službenog ateizma školuju se ateisti da budu stručnjaci za religiju kako bi mogli što uvjerljivije i razložnije uvjeravati ljude o besmislu i neutemeljenosti vjere.« Premda je kardinal bio dovoljno oprezan da izrijekom u citiranim rečenicama ne spomene Jugoslaviju, autor analize u njoj je svejedno prepoznao kritiku domaćih prilika. S pravom jer, uz neke rijetke iznimke, tadašnje stanje primjerice sociološke analize fenomena religioznosti obilježava prevlast areligioznih, antireligioznih i ateistički orijentiranih autora. Glas Koncila nudio je javnosti drugačiji pogled.
Znatno je oštrije list osuđivao rastuću represiju nad zakonitim prosvjetnim i drugim djelovanjem Katoličke Crkve. Mnogo je tekstova tako posvećeno odluci splitskih vlasti da početkom 1985. zabrane rad dječjih vrtića koje su vodile tamošnje redovnice. »Odluka očito diskriminira Crkvu na tom području«, napisano je u jednom tekstu, »ne samo u odnosu na društvene vrtiće i jaslice, već i u odnosu na privatnike koji su čak službeno poticani.« Taj je komentar izazvao vidljiv bijes autora analize koji očito nije mogao pojmiti da i Crkva ipak ima neka prava u polju društvene skrbi za djecu. List je također stalno upozoravao na netolerantan odnos režima prema odlasku školske djece na hodočašća. U jednom je tekstu roditelj praksu dodjeljivanja djeci na hodočašćima neopravdanih izostanaka te »prebrojavanja i vođenja dosjea« doveo u vezu s odlascima na trodnevna putovanja u Beograd. Zakonito je pravo ispovijedanja vlastitoga vjerskoga uvjerenja autor analize očekivano poistovjetio s vladajućim načelom isključenja Crkve iz javnoga prostora. »Jer«, napisao je, »ako je vjera privatna stvar i odvojena od države onda nema nikakve paralele s izletom u Beograd i to nije odsustvovanje s nastave. No, ako je iste vrijednosti, kao što roditelj želi, onda je i odsustvovanje zbog hodočašća nešto normalno.«
Stalan je izvor čuđenja autora anonimne analize bio postojan stav podjednako i novinara i vanjskih suradnika Glasa Koncila o djelovanju kardinala Alojzija Stepinca. U svim je ostalim temama naime pronašao (pretpostaviti je) neočekivanu slobodu iznošenja različitoga mišljenja. U tom slučaju ne. »Kako ništa u pisanju Glasa Koncila nije jednoznačno«, naveo je, »tako ni nema teme koja ne bi imala različite pristupe osim pisanja o Stepincu. To je praktički jedina tema u kojoj se stalno govori isto.« Nikako tomu revnomu analitičaru nije polazilo za rukom shvatiti da je tretman kardinala u komunizmu istovjetan otvorenomu neprijateljstvu te da se s time Katolička Crkva i dobar dio Hrvata nikad ne će pomiriti. Kad je u broju 37. lista anonimni autor zaključio da se novi dokumenti o Stepinčevu djelovanju tijekom Drugoga svjetskoga rata pristigli iz »tajnih vatikanskih arhiva« u domaćoj javnosti uporno prešućuju, za analitičara Komisije radilo se o običnom »teoretiziranju«. U upornoj i dosljednoj je obrani kardinala na stranicama Glasa Koncila vidio jedino neprijateljsko propagandno djelovanje. »Stalno i često pisanje o Stepincu«, zaključio je, »samo pokazuje da Glas Koncila kao nosilac crkvenih poruka i glasnogovornik jednog dijela Crkve ne odustaje od nametanja svoje vizije o Stepincu (povijesno nedokazane, ali povijesno osudjene), svoje izgradnje crkvenosti na Stepinčevskim iskustvima i koječega drugog što sa željenim suživotom i dijalogom nema puno zajedničkog. A s punim pravom se može tvrditi da Glas Koncila ne kreira svojim pisanjem o Stepincu neku samo svoju politiku, već samo izražava ono što dio Crkve smatra shodnim, korisnim i, valjda, potrebnim.«
Da bi autor u glasilu tretiranom kao neprijateljska pojava mogao rastućemu broju čitatelja prenositi u biti antirežimske poruke, zahtijevala se posebna vrsta umješnosti. Naime, valja imati na umu da je režim na raspolaganju imao vrlo raširenu mrežu pojedinih članaka saveznoga i republičkoga kaznenoga zakona koji su mu omogućavali da svaku nepoćudnu riječ ili rečenicu (zajedno s njihovim autorom) odvede na optuženičku klupu. U legendarnoj je rubrici »Pismo seoskog župnika« don Jure (Živko Kustić) redovito uspijevao međutim čitateljima uputiti poruku opore kritike režima. Kustić bi tako, kako je primijetio analitičar Komisije, najprije »ispričao priču koja našu zemlju pokazuje krajnje pozitivno«. Zatim bi slijedio napad. U idućem bi pismu pisao o »jednoj našoj junakinji« koja je košulje, navodno visoke kvalitete, kupila u Poljskoj. Tek bi na kraju teksta čitatelju bilo jasno da su te košulje proizvedene u Jugoslaviji, ali u Makedoniji. Drugim riječima, u komunističkoj Hrvatskoj čovjek nije mogao kupiti iole kvalitetniju košulju proizvedenu u istoj državi. Da bi do nje ipak došao, morao je posjetiti Poljsku, gdje je nastupila – ne na posljednjem mjestu zaslugom Katoličke Crkve i Pape Ivana Pavla II. – terminalna faza komunizma. Kustićeve ironične aluzije uvijek su zahtijevale intelektualan napor. U broju 6. iz 1985. kritizirao je psovku koju je javno izgovorio pjevač Mišo Kovač. Uz sljedeći komentar: »A zar misli svoje ploče prodavati samo pokvarenjacima kojima ništa nije sveto?« Kad su na to reagirali režimski novinari, Kustić je sve u nekoliko navrata »nastojao objasniti«. Autora analize nije prevario: »Poruka rečenice je toliko nedvosmislena jasna«, zaključio je, »da joj i nije potreban komentar.« Dobrim su dijelom upravo takve političke aluzije ohrabrivale pojedince u nadi da komunizam u Hrvatskoj ipak nije vječan.