Jasno je da se prijevoz tisuća djece s odraslom pratnjom iz sabirališnih centara vlakom u stotinjak kilometara udaljen Zagreb, odakle su upućivana u nekoliko prihvatilišta, morao organizirati u suradnji s nadležnim vlastima budući da je bila riječ o izvanrednim vlakovima koji su se morali uskladiti s redovitim voznim redom. Stoga je Ravnateljstvo Hrvatskih državnih željeznica primilo 29. srpnja 1942. dopis Odjela društvovnoga osiguranja, zaštite i skrbi Ministarstva udružbe: »U sabirnim logorima u Jablancu, Mlaki i Uštici imade još oko 2.500 djece koja se po nalogu Poglavnika imadu preuzeti u držav. dječju zaštitu Ministarstva udružbe, kao i djeca iz sabirnih logora u St. Gradiški, koja su preuzeta. Pomenuta djeca smjestit će se u privatnim nastambama u Jastrebarskom. Savezno s time moli se naslov, da osigura prievoz ove djece u partijama od po 600-800 i to sa postaja Raić, odnosno Jasenovac. Pri dolazku u Zagreb moraju se djeca prije polazka u Jastrebarsko raskužiti. Polazak prvog i idućih transporta javiti će se brzoglasno naslovu čim komisija preuzme djecu.
Moli se vozni red vlakova udesiti tako, da isti stižu u Zagreb rano ujutro, a poslije podne oko 16 s. odlaze u Jastrebarsko« (Antun Miletić: »Koncentracioni logor Jasenovac 1941-1945, Dokumenta«, knjiga IV., dok. br. 36, str. 109; Vukić/dr. Kuzman, str. 76.).
Nije zgorega osvrnuti se na relativno rijetku formulaciju u dosad objavljenim dokumentima – »po nalogu Poglavnika«. Naime, nju su rabili isključivo poglavnikovi uredi (npr. njegov vojni ured), a ostale su je ustanove smjele upotrebljavati samo ako im je Ante Pavelić osobno, usmeno ili pismeno, dao ovlast da je mogu upotrijebiti za rješavanje određenoga problema (Nikica Barić: »Kozara 1942. – sudbina zarobljenika, civila i djece«, »Pilar«, Zagreb, br. 2/2016., str. 100.).
U nizu sličnih »neugodnih« i prešućivanih činjenica za poslijeratnu historiografiju treba također spomenuti da su u prikupljanju i evakuaciji kozaračke djece do jasenovačke željezničke postaje pomagali i mladi ustaški vojnici iz logorske stražarske postrojbe, kako je to zapisala Diana Budisavljević: »Raspravljam s liječnikom, jer ni on ni njegove sestre ne žele pomoći. Konačno mi pomažu mladi ustaše koji su dovezli kola« (»Dnevnik Diane Budisavljević 1941. – 1945.«, Hrvatski državni arhiv Zagreb i Javna ustanova Spomen-područje Jasenovac, Zagreb, 2003.).
Na drugom mjestu navodi sličan primjer: »Već je mrak, a ima vrlo malo električnih svjetiljki. Velika djeca idu vrlo poslušno, a malene treba nositi. Morali smo ih tražiti u brdima jastuka. U tome je naročito savjestan bio jedan mladi ustaša koji je bio zdvojan, jer se bojao da ćemo neko malo dijete previdjeti, pa će pokisnuti (isto, str. 88.).
Problem kozaračkih izbjeglica i prognanika, među kojima i djece, nadovezao se na postojeći problem prihvata izbjegličkoga vala katoličkih i muslimanskih civila, među kojima također brojne djece, koji su tijekom 1941. i 1942. tražili spas iz područja sjeverne Dalmacije i jugozapadne Bosne u sjevernim dijelovima Hrvatske pred napadima i zločinima odmetnika, protivnika NDH. Primjerice, oko 1250 izbjeglica iz Bihaćkoga kotara bilo je smješteno u kaznionicu Stara Gradiška, koja tada još nije služila kao logor, a u njoj je bilo mjesta jer je već započelo preseljenje tamošnjih kažnjenika na druga mjesta. Među izbjeglicama bili su, primjerice, žene i djeca iz postradaloga sela Boričevca (»Dossier Boričevac«, urednik Josip Pavičić, Naklada P.I.P Pavičić, Zagreb, 2012., str. 435.). Nažalost, očekivano, zbog teških životnih uvjeta i među tom su se djecom proširile različite zarazne bolesti pa su prebacivana u bolnicu u Novoj Gradiški na liječenje. Stizala su ona i u Zagreb, gdje su privremeno bili smješteni u Dom na Josipovcu, u današnjoj Nazorovoj ulici, te u Zavod za odgoj gluhonijeme djece, gdje su ih pregledale dr. Olga Bošnjaković i dr. Mara Brčić. Prema njihovu nalazu, djeca su bila »slabo uhranjena, mnoga su preplašena, a veliki dio je tako zapušten, boluje od svraba i sličnih kožnih bolesti, da će trebati dugo vremena da se ta djeca oporave uz veoma pomnu njegu« (»Dossier Boričevac«, isto, str. 431.).
U ljeto i jesen 1942. o teškom stanju katoličkih i muslimanskih izbjeglica kojih je u Banjoj Luci, Sanskom Mostu, Bosanskoj Dubici i drugdje bilo u jednakom broju kao i pravoslavnih s Kozare govori izvješće Higijenskoga zavoda iz Banje Luke od 15. studenoga 1942.: »Svi izbjeglice skoro bez iznimke žive u nepovoljnim društvovnim i zdravstvenim prilikama. Hrana je veoma slaba i nedostatna, postoji najveća oskudica u odjeći i rublju, tako da se često nailazi na djecu koja osim košulje ništa drugo na sebi nemaju… Veliki broj majki dojilja nije u stanju dojiti dijete, jer im je mlijeko u dojkama presahnulo zbog nedovoljne prehrane. Djeca su mahom slabunjava i rahitična. Njihov je pomor veoma visok« (Higijenski zavod Banja Luka, br. 99, izvješće podnio dr. Ivan Grujić, upravitelj i zdravstveni izvjestitelj kod opunbomoćenika Vlade NDH Oskara Turine; Vukić/dr. Kuzman, str. 80.).
Nastavlja se