U zborniku Ivana Arhiđakona Goričkoga iz g. 1334. uz okolne župe (sv. Marija pod Okićem) i njihove crkve (Rođenja Marijina) i kapele, spominje se i župa u Stupniku, koja je pripadala Katedralnomu arhiđakonatu (dio Zagrebačke biskupije) sve do g. 1771. Stoljeće kasnije, g. 1437., zagrebački biskup Ivan Alban darovao je posjed Stupnika grofovima Celjskim, koji će biti jedni od vlasnika. Smatra se da je prije g. 1462. na mjestu današnje barokne građevine bila manja i djelomično zidana župna crkva posvećena sv. Jurju. Ona je stradala u naletu Turaka, ali je obnovljena g. 1622. Ta se godina spominje u vizitacijama i za druge okolne crkve i kapele, uglavnom iz župe sv. Marije pod Okićem.
Izgradnja nove crkve sv. Ivana Nepomuka u Stupniku počela je g. 1769. za vrijeme župnika Pavla Katarinčića, a dovršena je i blagoslovljena 30. kolovoza 1772. zahvaljujući plemenitim Pejačevićima i grofovima Erdődy. Godine 1756. ban Karlo Batthyany u Stupnik je poslao relikviju jezika sv. Ivana Nepomuka te potaknuo izgradnju nove crkve. Pri blagoslovu crkve izložene su relikvije sv. Ivana, koje su dopremljene iz Beča zaslugom isusovca Stjepana Šinka. One se i danas izlažu u crkvi na blagdan 16. svibnja. Župna crkva izgrađena je u središtu mjesta uz groblje s visokim zvonikom priljubljenim na barokno oblikovano pročelje s tri ulaza. U sredini zvonika, u niši, postavljen je kameni kip naslovnoga svetca, a ispod bakrenoga krovišta sat i nekoliko prozora. Lađa crkve završava suženim peterostranim svetištem s prigrađenom sjevernom sakristijom. Masivni polustupovi unutar crkve podupiru visoka krovišta crkve. Osim oštećenja u nedavnom potresu jaki stupovi su spriječili urušenje građevine te se ona, kao i nakon potresa g. 1880., obnavlja. U povišenu svetištu postavljen je barokni pozlaćeni oltar s ukrasnim stupovima, palom sv. Ivana Nepomuka, svetohraništem i bočnim kipovima svetaca s izrazito baroknim formama.
Mise su nedjeljom u 7.30, 9.30, 11 i 19 sati, a radnim danima u 6 i 18.30.
